#!/usr/bin/perl

my $dirs;
   $dirs{"M0232-case-9367-3-CNV"} = 1;
   $dirs{"M0233-case-9367-4-CNV"} = 1;
   $dirs{"M0234-case-Joubert-8056-3"} = 1;
   $dirs{"M0235-case-Joubert-8057-3"} = 1;
   $dirs{"M0236-case-Joubert-8061-3"} = 1;
   $dirs{"M0237-case-Joubert-8066-3"} = 1;
   $dirs{"M0238-case-Joubert-8138-3"} = 1;
   $dirs{"M0239-case-Joubert-8155-3"} = 1;
   $dirs{"M0240-case-Joubert-8158-3"} = 1;
   $dirs{"M0241-case-Joubert-8172-3"} = 1;

foreach my $dir (keys %dirs) {
	`cp ~/clinicalLongReadSeq-NB/alignments/$dir/*minimap2.clair3.targetsOnly.* ./`;
}